Топонимический словарь - кубенское

ОЗЕРО басс. Сухоны; Вологодская обл. Русское название озера образовано от названия впадающей в него р. Кубена. В названии реки выделяются структурные элементы куб- и -ена. Основа куб- встречается в ряде названий Севера (Куба, басс. Вятки; Кубань, Кубрь басс. Волги; Кубыча басс. Мологи) и, по-видимому, принадлежит древнему вымершему населению Севера. Значение основы не установлено. Формант -ена сопоставим с фин. епо 'большая река, проток, течение'.